Podobnie jak inne nurty osteopatii, terapia czaszkowo-krzyżowa zakłada, że ciało jest całością, jego struktura i funkcja są od siebie zależne, ma tendencje do samoleczenia, a główną przyczyną chorób jest zaburzenie ukrwienia tkanek, poprzez ograniczenie ich mobilności. W sposób szczególny kranio skupia się na strukturach otaczających centralny układ nerwowy, czyli systemie czaszkowo-krzyżowym, składającym się z kości czaszki i kręgosłupa, oraz mębran i fluidów otaczających mózg i rdzeń kręgowy. Wszystkie elementy tego półzamkniętego hydraulicznego systemu są w ciągłym rytmicznym ruchu, a wpływ na jego jakość ma cały organizm. Jego dysfunkcja może negatywnie wpłynąć na pracę CUN, odczuwanie bólu jak również wydajność pracy innych układów naszego ciała.